Validação do Painel de Arboviroses

Fundação Butantan

Author

Affiliation

Wanderson Oliveira

Colaborador terceirizado

setwd("D://butantan/base")
library(tidyverse)
library(gtsummary)
load("d00.RData")

INTRODUÇÃO

Sobre o Sinan

Implementado gradualmente desde 1993, o Sistema de Informação de Agravos de Notificação (Sinan) teve uma adoção desigual entre estados e municípios, sem coordenação efetiva dos gestores de saúde. Em 1998, o Cenepi reestruturou o processo, criando uma comissão para atualizar o sistema e software do Sinan e garantir sua implantação nacional. Desde então o uso foi regulamentado e passou a ser obrigatória a alimentação regular e o Ministério da Saúde, por meio da Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente (SVSA), ficou responsável pela gestão nacional da base de dados(BRASIL 2006).

O sistema se baseia na notificação e investigação de casos de doenças da lista de notificação compulsória nacional, permitindo que estados e municípios adicionem problemas de saúde locais. Seu uso eficaz possibilita diagnósticos dinâmicos de eventos na população, oferece base para análises causais e identifica riscos, contribuindo para o entendimento da situação epidemiológica local. A aplicação sistemática e descentralizada do sistema promove a democratização das informações, acessíveis a profissionais de saúde e à comunidade, tornando-se essencial no planejamento da saúde, definição de prioridades e avaliação do impacto das ações de saúde (BRASIL 2006).

O Sinan visa coletar, transmitir e disseminar dados do Sistema de Vigilância Epidemiológica, apoiando a investigação e análise de doenças de notificação compulsória, por meio de uma rede informatizada das três esferas governamentais (BRASIL 2006).

Ficha de notificação

As unidades federadas deverão utilizar o modelo padronizado pela SVSA/MS, utilizada para notificação de casos suspeitos e/ou confirmados das doenças, agravos e eventos de notificação compulsória, conforme Portaria de Consolidação Nº 4 (M. da S. BRASIL 2017).

As fichas utilizadas para gerar a base de dados do Painel de Arboviroses estão disponíveis no Anexo I.

Banco de dados

As notificações e investigações de casos registradas no Sinan geram tabelas denominadas NOTINDIV (composta pela parte comum a todas as fichas) e pela tabela de investigação resultando na base de dengue INOMEDOAGRAVO. A junção dos dois arquivos (notificação e investigação (Ex: NOTINDIV e IDENGUE) de um agravo específico) é feita por meio da opção exportação (atualizar tabelas.dbf), resultando na base DENGBR00.DBF. Ou seja, é a base DENG = Dengue, BR = Brasil e 00 = ano 2000, DBF = arquivo formato DBase.

Fluxo e periodicidade de atualização dos dados do Sinan

Ainda há muitas unidades e municípios com acesso restrito a internet. Onde está informatizado, o dado é atualizado diariamente. No entanto, para ocorrer a consolidação de todos dos dados do Brasil, segue-se o fluxo de dados do manual do Sinan.

Sistema de Informação de Agravos de Notificação

Acesso às bases de dados desidentificadas

As bases de dados desidentificadas do Sinan estão disponíveis por meio de vários endereços:

FTP: ftp://ftp.datasus.gov.br/dissemin/publicos/SINAN/
Transferência de Arquivos: https://datasus.saude.gov.br/transferencia-de-arquivos/
OpenDataSUS: https://opendatasus.saude.gov.br/
Portal de Dados Abertos: https://dados.gov.br/home

Encerramento de casos notificados como suspeitos e/ou confirmados

O encerramento das investigações referentes aos casos notificados como suspeitos e/ou confirmados deverá ser efetuado após um período de tempo definido, de acordo com o agravo notificado, variando de 1 a 15 meses (tuberculose).

Estrutura da base de dados do ano 2000

O número de registros da base de dados limpa, sem datas inválidas nos campos DT_NOTIFIC e DT_SIN_PRI é de:

nrow(d00)

[1] 172537

O número de colunas é o mesmo de 2000 a 2006, sendo um total de:

ncol(d00)

[1] 108

Estes são os códigos dos campos. Para saber o que significa, é preciso checar o dicionário de dados.

variable.names(d00)

  [1] "ID_MUNICIP" "ID_UNIDADE" "DT_NOTIFIC" "CS_RACA"    "CS_ESCOLAR"
  [6] "NU_ANO"     "SEM_NOT"    "SG_UF_NOT"  "ID_REGIONA" "DT_SIN_PRI"
 [11] "SEM_PRI"    "NU_IDADE"   "CS_SEXO"    "ID_MN_RESI" "ID_RG_RESI"
 [16] "SG_UF"      "ID_PAIS"    "ID_DG_NOT"  "ID_EV_NOT"  "ANT_DT_INV"
 [21] "OCUPACAO"   "DENGUE"     "ANO"        "VACINADO"   "DT_DOSE"   
 [26] "FEBRE"      "DT_FEBRE"   "DURACAO"    "LACO"       "CEFALEIA"  
 [31] "EXANTEMA"   "DOR"        "PROSTACAO"  "MIALGIA"    "NAUSEAS"   
 [36] "ARTRALGIA"  "DIARREIA"   "OUTROS"     "SIN_OUT"    "EPISTAXE"  
 [41] "PETEQUIAS"  "GENGIVO"    "METRO"      "HEMATURA"   "SANGRAM"   
 [46] "OUTROS_M"   "OUTROS_M_D" "ASCITE"     "PLEURAL"    "PERICARDI" 
 [51] "ABDOMINAL"  "HEPATO"     "MIOCARDI"   "HIPOTENSAO" "CHOQUE"    
 [56] "MANIFESTA"  "INSUFICIEN" "OUTRO_S"    "OUTRO_S_D"  "DT_CHOQUE" 
 [61] "HOSPITALIZ" "DT_INTERNA" "UF"         "MUNICIPIO"  "DT_COL_HEM"
 [66] "HEMA_MAIOR" "DT_COL_PLQ" "PALQ_MAIOR" "DT_COL_HE2" "HEMA_MENOR"
 [71] "DT_COL_PL2" "PLAQ_MENOR" "DT_SORO1"   "DT_SORO2"   "DT_SOROR1" 
 [76] "DT_SOROR2"  "S1_IGM"     "S1_IGG"     "S2_IGM"     "S2_IGG"    
 [81] "S1_TIT1"    "S2_TIT1"    "MATERIAL"   "SORO1"      "SORO2"     
 [86] "TECIDOS"    "RESUL_VIRA" "HISTOPA"    "IMUNOH"     "AMOS_PCR"  
 [91] "RESUL_PCR"  "AMOS_OUT"   "TECNICA"    "RESUL_OUT"  "CON_CLASSI"
 [96] "CON_CRITER" "CON_FHD"    "CON_INF_MU" "CON_INF_UF" "CON_INF_PA"
[101] "CON_DOENCA" "CON_EVOLUC" "CON_DT_OBI" "CON_DT_ENC" "IN_VINCULA"
[106] "NDUPLIC"    "IN_AIDS"    "FX_ETARIA"

Tratamento da base de dados

Reclassficação do campo de classificação final

Desde o ano 2000, as classificações finais dos casos de dengue foram mudando de acordo com o perfil epidemiológico e características clínicas e epidemiológicas dos casos.

Dengue Clássico
Dengue com complicações
Febre Hemorrágica do Dengue – FHD
Síndrome de choque da Dengue - SCD
Descartado
Dengue
Dengue com sinais de alarme
Dengue grave
Ignorado
Dengue
Dengue com Sinais de Alarme
Dengue Grave
Chikungunya

Para viabilizar a visualização dos casos de dengue na série histórica de 2000 até a atualidade, foi criada uma nova variável e recodificada a classificação final de cada ano. Neste processo foi realizada a seguinte compatibilização. Nas bases onde os valores numéricos fossem:

“1” ou “6” ou “10” -> foi reclassificado para “1.Dengue leve”
“2” ou “7” ou “11” -> foi reclassficado para “2.Dengue moderada”
“3” ou “4” ou “8” ou “12” -> foi reclassificado para “3.Dengue grave”
“5” -> foi reclassificado para “NA” vazio
“13” -> foi reclassificado para “4.Chikungunya”

Observação: esta classificação destina-se apenas para o consumo interno do Butantan.

Os campos data de notificação e início dos sintomas foram validados para preservar apenas valores válidos.

CAMPO	AÇÃO
DT_NOTIFIC	Realizar a seguinte validação com o campo DATA DE NOTIFICAÇÃO: transformar para formato europeu dd/mm/aaaa registro com data corrompida, excluir valor errado da célula Se for possível não excluir a linha, mas o valor, melhor será. Criar uma nova coluna e calcular a semana epidemiológica de notificação, conforme a seguinte fórmula de exemplo para calcular a semana epidemiológica de 2020: Formula para o Excel: “=TRUNCAR(((DT_NOTIFIC -”29/12/2019”)/7)+1)” Obs.: Truncar retira a decimal. A data é referente ao último domingo do ano epidemiológico anterior, divide por 7 (dias da semana) e soma 1 para ajustar corretamente o calendário. Prefira colocar o ano na frente da semana. Deste modo, fica mais fácil para fazer gráficos. Também é importante que este campo esteja no padrão categórico.
DT_SIN_PRI	Realizar a seguinte validação com o campo DATA DOS PRIMEIROS SINTOMAS: transformar para formato europeu dd/mm/aaaa registro com data corrompida, excluir a linha, caso o campo CLASSI_FIN seja diferente de: “2. Dengue com complicação” ou “4.Síndrome do choque de dengue” ou “3.Febre hemorrágica do dengue” ou “7. Dengue com sinais de alarme” ou “8.Dengue grave”,“11. Dengue com sinais de alarme” ou “12. Dengue grave” Se for possível não excluir a linha, mas o valor, melhor será. Criar uma nova coluna e calcular a semana epidemiológica de notificação, conforme a seguinte fórmula de exemplo para calcular a semana epidemiológica de 2020:

DT_NOTIFIC

Realizar a seguinte validação com o campo DATA DE NOTIFICAÇÃO:

transformar para formato europeu dd/mm/aaaa
registro com data corrompida, excluir valor errado da célula
Se for possível não excluir a linha, mas o valor, melhor será.
Criar uma nova coluna e calcular a semana epidemiológica de notificação, conforme a seguinte fórmula de exemplo para calcular a semana epidemiológica de 2020:

Formula para o Excel: “=TRUNCAR(((DT_NOTIFIC -”29/12/2019”)/7)+1)”

Obs.: Truncar retira a decimal. A data é referente ao último domingo do ano epidemiológico anterior, divide por 7 (dias da semana) e soma 1 para ajustar corretamente o calendário.

Prefira colocar o ano na frente da semana. Deste modo, fica mais fácil para fazer gráficos. Também é importante que este campo esteja no padrão categórico.

DT_SIN_PRI

Realizar a seguinte validação com o campo DATA DOS PRIMEIROS SINTOMAS:

transformar para formato europeu dd/mm/aaaa
registro com data corrompida, excluir a linha, caso o campo CLASSI_FIN seja diferente de:
“2. Dengue com complicação” ou “4.Síndrome do choque de dengue” ou “3.Febre hemorrágica do dengue” ou “7. Dengue com sinais de alarme” ou “8.Dengue grave”,“11. Dengue com sinais de alarme” ou “12. Dengue grave”
Se for possível não excluir a linha, mas o valor, melhor será.
Criar uma nova coluna e calcular a semana epidemiológica de notificação, conforme a seguinte fórmula de exemplo para calcular a semana epidemiológica de 2020:

PERFIL EPIDEMIOLÓGICO

Avaliação da Classificação Final por Evolução

Tabela da classificação final por evolução, a partir da base de dados original do DataSUS

# Gerar tabela de classificação final x evolução
theme_gtsummary_compact()

Setting theme `Compact`

tab1 <- d00 %>%
  select(CON_CLASSI, CON_EVOLUC) %>%
  tbl_summary(label = list(CON_CLASSI ~ "Classificação Final"),
              missing_text = "Sem informação",
              digits = everything() ~ c(0, 2),
              by = CON_EVOLUC) %>%
  add_overall(
    last = FALSE,
    statistic = ~"{p}% (n={n})",
    digits = ~ c(1, 0),
    col_label = "TOTAL"
  ) %>% 
  add_n() %>% 
  modify_header(label = "Variáveis") %>%
  bold_labels() %>%
  modify_spanning_header(all_stat_cols() ~ "Evolução dos casos prováveis")
tab1

Variáveis	N	Evolução dos casos prováveis
Variáveis	N	TOTAL¹	1.Cura, N = 110,906²	2.Óbito por dengue, N = 107²	9.Ignorado, N = 61,524²
Classificação Final	172,537
1.Dengue leve (Dengue clássica+Dengue)		78.0% (n=134,500)	107,965 (97.35%)	101 (94.39%)	26,434 (42.97%)
2.Dengue moderada (com complicações)		0.3% (n=528)	527 (0.48%)	1 (0.93%)	0 (0.00%)
3.Dengue grave (Grave+FHD+SCD)		0.4% (n=628)	239 (0.22%)	4 (3.74%)	385 (0.63%)
9.Ignorado		21.4% (n=36,881)	2,175 (1.96%)	1 (0.93%)	34,705 (56.41%)
¹ % (n=n)
² n (%)

Avaliação da Faixa etária por classificação final

Tabela da faixa etária por classificação final, a partir da base de dados original do DataSUS

# Gerar tabela de faixa etária x Classificação Final
theme_gtsummary_compact()

Setting theme `Compact`

tab2 <- d00 %>%
  select(FX_ETARIA, CON_CLASSI) %>%
  tbl_summary(label = list(FX_ETARIA = "Faixa etária", 
                           CON_CLASSI = "Classificação"),
              missing_text = "Sem informação",
              digits = everything() ~ c(0, 2),
              by = CON_CLASSI) %>%
  add_overall(
    last = FALSE,
    statistic = ~"{p}% (n={n})",
    digits = ~ c(1, 0),
    col_label = "TOTAL"
  ) %>% 
  add_n() %>% 
  modify_header(label = "Variáveis") %>%
  bold_labels() %>%
  modify_spanning_header(all_stat_cols() ~ "Classificação Final dos Casos Prováveis")
tab2

Variáveis	N	Classificação Final dos Casos Prováveis
Variáveis	N	TOTAL¹	1.Dengue leve (Dengue clássica+Dengue), N = 134,500²	2.Dengue moderada (com complicações), N = 528²	3.Dengue grave (Grave+FHD+SCD), N = 628²	9.Ignorado, N = 36,881²
Faixa etária	172,537
0-4 anos		3.5% (n=6,007)	4,793 (3.56%)	9 (1.70%)	28 (4.46%)	1,177 (3.19%)
5-9 anos		4.3% (n=7,485)	5,945 (4.42%)	9 (1.70%)	32 (5.10%)	1,499 (4.06%)
10 a 14 anos		7.2% (n=12,338)	9,615 (7.15%)	25 (4.73%)	52 (8.28%)	2,646 (7.17%)
15-19 anos		10.3% (n=17,747)	13,617 (10.12%)	42 (7.95%)	74 (11.78%)	4,014 (10.88%)
20-29 anos		24.1% (n=41,554)	32,123 (23.88%)	132 (25.00%)	141 (22.45%)	9,158 (24.83%)
30-39 anos		21.3% (n=36,758)	28,590 (21.26%)	141 (26.70%)	108 (17.20%)	7,919 (21.47%)
40-49 anos		14.7% (n=25,310)	19,835 (14.75%)	86 (16.29%)	78 (12.42%)	5,311 (14.40%)
50-59 anos		8.3% (n=14,357)	11,372 (8.46%)	48 (9.09%)	63 (10.03%)	2,874 (7.79%)
60-69 anos		4.3% (n=7,364)	5,779 (4.30%)	29 (5.49%)	33 (5.25%)	1,523 (4.13%)
70-79 anos		1.6% (n=2,814)	2,183 (1.62%)	7 (1.33%)	16 (2.55%)	608 (1.65%)
80+ anos		0.5% (n=803)	648 (0.48%)	0 (0.00%)	3 (0.48%)	152 (0.41%)
¹ % (n=n)
² n (%)

Tabela da faixa etária por classificação final, a partir do painel dengue do Butantan para validação

References

BRASIL. 2006. Sistema de Informação de Agravos de NotificaçãoSinan: Normas e Rotinas. 1st ed. Vol. 1. Brasília: Editora do Ministério da Saúde.

BRASIL, Ministério da Saúde. 2017. “Portaria de Consolidação Nº 4, de 28 de Setembro de 2017, Anexo v - Capítulo i - LISTA NACIONAL DE NOTIFICAÇÃO COMPULSÓRIA DE DOENÇAS, AGRAVOS e EVENTOS DE SAÚDE PÚBLICA,” September. http://bvsms.saude.gov.br/bvs/saudelegis/gm/2017/prc0004_03_10_2017.html.